Nagate tanikaze. Nascido e criado na gigantesca nave especial, o jovem treinou sozinho para se tornar um piloto de combate sem nem imaginar o destino que o aguardava. Nessa época, a humanidade se adaptou a viver no espaço. Entre as evoluções de nossa raça estão a capacidade de realizar fotossíntese e até de trocar de gênero quando acha o parceiro ideal. Depois da morte de seu avô, tanizake acaba selecionado para efetivamente se tornar piloto. Graças ao seu treinamento, ele revela-se um dos mais hábeis do esquadrão de defesa de Sidonia. Ao lado de seus companheiros, tanikaze irá enfrentar a bordo da lendária unidade tsugumori um novo ataque dos gaunas. Mas os gigantescos alienígenas não são a única ameaça. Ao mesmo tempo que luta em nome da sobrevivência dos seres humanos, o audaz piloto também terá de lidar com conspirações dentro do alto comando de Sidonia, perdas irreparáveis, traições e descobertas que poderão mudar a sua vida para sempre.